জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় ২০০৫ সালে প্রতিষ্ঠা লাভ করে। বিশ্ববিদ্যালয়টি পুরান ঢাকার সদরঘাট এলাকায় অবস্থিত। মাত্র ৭ একর জায়গার উপর প্রতিষ্ঠিত জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় অনেক ঐতিহাসিক পথ পারি দিয়ে আজকের এই অবস্থানে এসে পৌঁছেছে। তৎকালীন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠার সময় জগন্নাথ কলেজের স্নাতক বন্ধ করে দেয় এবং সেই সকল শিক্ষার্থী ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে ভর্তি হয়। তাছাড়াও জগন্নাথ কলেজ তাদের ছাত্র, শিক্ষক, লাইব্রেরীর ৫০ শতাংশ বই এবং অন্যান্য সামগ্রী দিয়ে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠায় সহায়তা করে।